为贯彻落实《农村人居环境整改治理三年行动方案》《关于推进农村黑臭水体治理工作的指导意见》，指导各地组织并且开展农村黑臭水体治理工作，解决农村突出水环境问题，逐渐增强广大农民的获得感和幸福感，编制《农村黑臭水体治理工作指南（试行）》（以下简称《指南》）。
《关于推进农村黑臭水体治理工作的指导意见》（环办土壤〔2019〕48号）
《畜禽粪污资源化利用行动方案（2017-2020）》（农牧发〔2017〕11号）
《农村生活污水处理设备让水受到污染的东西排放控制规范编制工作指南试行）》（环办土壤函〔2019〕403号）
省级有关部门对行政区域内的农村黑臭水体进行排查，根据排查和公众评议结果，确定黑臭水体清单，组织编制《农村黑臭水体治理方案》（以下简称《治理方案》），在方案论证的基础上实施治理工程，并对治理效果做评估。农村黑臭水体治理工作流程如图 1所示。
农村黑臭水体是指各县（市、区）行政村（社区等）范围内颜色明显异常或散发浓烈（难闻）气味的水体。
行政村内村民主要集聚区适当向外延伸，南方为200 m-500 m，北方为500 m-1000 m 区域内的水体，以及村民反映强烈的黑臭水体。对于城乡结合部已列入城市黑臭水体清单的黑臭水体，不再列入。
农村黑臭水体依据水体异味或颜色明显异常（如发黑、发黄、发白等）感官特征进行识别。如果某水体存在异味、颜色明显异常任意一种情况，即视为黑臭水体。
对于感官判断有争议的农村水体，有关部门可委托专业机构对水体周边居住村民、商户或随机人群开展问卷调查，进一步判断水体黑臭状况，原则上每个水体的调查问卷有效数量不少于30 份，如认为有“黑”或“臭”问题的人数占被调查人数60%以上，则应认定该水体为“黑臭水体”。
当开展公众评议有困难时（例如，难以获得不少于30 份的有效问卷），通过水质监测判定是否黑臭。水质监测指标包括透明度、溶解氧、氨氮3 项指标，指标阈值见表1。3 项指标中任意1 项不达标即为黑臭水体。对西北地区、长江中下游地区等区域含泥沙量较大的水体，当只有透明度指标不达标时，不判定为黑臭水体。
监测分析方法参见《水和废水监测分析方法（第四版）（增补版）》，透明度推荐采用黑白盘法或铅字法；溶解氧推荐采用电化学探头法，便携式溶解氧测定仪技术方面的要求、性能指标等满足国家环境保护标准（HJ925-2017）；氨氮推荐纳氏试剂光度法或水杨酸-次氯酸盐光度法。
通过水质监测判断时，原则上可沿水体每200 m-600 m 间距设置监测点，但每个水体的监测点不少于3 个。取样点一般设置于水面下0.5 m 处，水深不足0.5 m 时，应设置在水深的1/2 处。
包括：黑臭水体名称、水体类型、水域面积（注明长、宽）、地理位置（含起止点名称及坐标）、所属区域（行政村或自然村名称）及其面积、人口数量等。
分析导致水体黑臭的根本原因，包括农村里的生活、畜禽养殖、水产养殖、种植业面源、企业排污、生活垃圾和生产废弃物污染、底泥淤积及其他污染问题等。
在摸清底数的基础上，各省（区、市）组织完成农村黑臭水体清单编制工作，并向社会公开。按照附件1 和附件2 分别进行农村黑臭水体数量汇总统计和农村黑臭水体清单报送。
省级有关部门以县级行政区为基本单元，组织并且开展农村黑臭水体排查，可采取资料搜集、现场勘验、座谈讨论、问题分析等多种方式，确定黑臭水体的排查范围，全面查清范围内农村黑臭水体情况。排查工作应因地制宜、实事求是，做好现场勘查记录，分类形成清单档案，逐级报送农村黑臭水体排查进展情况。
各省（区、市）以县级行政区为单位，在实地调查和环境监视测定基础上，确定污染源和污染状况，综合分析农村黑臭水体的污染成因，结合水体功能与去向、当地真实的情况和村民诉求，筛选技术可行、经济合理、符合农村实际的技术方法，制定黑臭水体治理的技术路线，预估所需工程措施、工程量和实施周期，预测水体治理效果，形成黑臭水体治理方案。试点示范地区编制《治理方案》，非试点示范地区参照《指南》根据实际情况酌情开展工作。农村黑臭水体治理方案编制流程见图2。
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